Luego de que Charles Wallace le dice a su hermana Meg que ha visto dragones en el huerto de su casa, los hermanos Murry reciben la sorprendente visita de Blajeny, un sabio profesor proveniente del espacio, y de Proginoskes, un querubines con cientos de ojos y alas que se torna invisible a voluntad.

Tanto Meg como su amigo Calvin son llevados a una galaxia remota donde verán que el universo se está «agrietando», y recibirán la noticia de que la vida de Charles es amenazada por una enfermedad que se desarrolla en el interior de sus mitocondrias. Para reestablecer el equilibrio del universo enfermo, Meg y Calvin, acompañados por Proginoskes y un inesperado aliado, tendrán que viajar al interior de Charles, donde descubrirán que el cuerpo humano es un universo tan grande como el que contiene las estrellas.